Farmaceutisk bioinformatik

Farmaceutisk Bioinformatik är en del av det generella forskningsområdet bioinformatik, men som har ett specifikt fokus på att studera biologiska och kemiska processer i det farmaceutiska området.

Introduktion

Medan traditionell bioinformatik är ett brett ämne främst med fokus på molekylär biologi, så har farmaceutisk bioinformatik ett mer specifikt mål: att undersöka det kemiska-biologiska samspelet. Metoder som används, förutom många allmänna bioinformatiska metoder, är ligand-baserad modellering såsom kvantitativa struktur–aktivitetssamband (QSAR), proteokemometri, datorstödd molekylär design, kemobioinformatiska databaser, algoritmer för kemi- och biofarmacuetisk programvara, inklusive analyser av biologisk aktivitet och andra frågor som rör läkemedelsframställning.

In silico prediktion av metabolism

Ett av de viktigaste områdena inom farmaceutisk bioinformatik är in silico prediktion av metabolism för kemiska substanser. Detta område syftar till att besvara tre frågeställningar;

• Att förutsäga om en given kemisk förening kommer interagera med ett enzym,
• Att förutsäga var i en kemisk förening interaktionen kommer att ske, dvs "Site of Metabolism" (SOM),
• Att förutsäga resultatet från interaktionen, dvs den resulterande metaboliten.

Det finns ett flertal verktyg och programvaror som försöker lösa dessa frågeställningar; t.ex. SMARTCyp och MetaPrint2D som predikterar Site of Metabolism for givna kemiska substanser.